A planta da igreja do Convento de Refoios integra-se no tipo saído da época da Contra-Reforma: nave única com cobertura em madeira seguida da capela-mor, a que se ligam capelas laterais estando o tecto destas como o da capela-mor revestidos em pedra por uma abóbada de berço dividida em 'caixotões'. Estilisticamente o interior do templo filia-se na corrente maneirista embora o pórtico ainda seja renascentista por adoptar a arquitectura das duas colunas com capiteis compósitos, de fuste canelado apoiado em plinto cúbico e que sustentam o entablamento. Nas cantoneiras dois bustos sendo a entrada por arco de volta inteira. 
A este classicismo opõe-se a exuberância dos ornatos que decoram a moldura do grande janelão e a original solução do remate em cornija lobulada e com dois segmentos de arco muito em evidência. Na torre lateral, o campanário coroado por cúpula bolbosa com catavento atenua o carácter erudito da fachada.